Julien Quentin ne veut pas quitter sa mère. Pourtant, dans cette année de guerre, 1944, il rejoint le collège catholique où il est pensionnaire. A onze ans, il préfère la douceur familiale aux trop vastes dortoirs. Là-bas, c'est un monde clos qui vit en dehors du temps, où les plaisirs se négocient au marché noir. Joseph, l'aide cuisinier, y est maître, échangeant quelques cigarettes contre des confitures qu'il revendra. Un jour, le Père Jean entre dans la classe avec un nouvel élève, Jean Bonnet. Surdoué. Julien en est jaloux. Il est intrigué par cet adolescent qui ne reçoit ni lettre, ni visite, qui ne va pas à la messe, se lève certaines nuits pour réciter d'étranges prières et qui se fait passer pour protestant. Le Père Jean demande à Julien de l'aider à l'intégrer. Fouillant dans son placard, Julien découvre le vrai nom de Jean Bonnet et son origine juive. Au cours d'un jeu en forêt, ils se perdent tous les deux. Ils retrouvent leur chemin grâce à une patrouille allemande. Face à la peur de Jean, Julien le prend sous sa protection. Le jour de la visite de sa mère, il l'invite avec eux au restaurant. Ils assistent à une intervention de la milice. Un jour d'alerte ils s'échappent tous les deux et vont jouer du piano. Julien découvre l'amitié. Mais, surprenant le marché noir, le Père Jean renvoie Joseph. Sans emploi, celui-ci se confie à la Gestapo. Les gendarmes et l'armée allemande envahissent le collège. Ils traquent et découvrent les enfants juifs, ils les arrêtent ainsi que le Père Jean. C'est alors qu'emmené par la Gestapo, devant tous les élèves rassemblés, le Père Jean dit cet "Au revoir les enfants".