Depuis la mort de sa femme tant aimée, Sainte Colombe vit retiré dans sa campagne avec ses deux filles, Madeleine et Toinette. De morale janséniste, le musicien virtuose de la viole de gambe refuse tout compromis avec le monde brillant et corrompu de la Cour, préférant composer sa musique dans une cabane au fond des bois, perdu dans le souvenir et le regret de sa femme, et élever ses filles selon les principes de sa foi. Le jeune et très doué Marin Marais devient son élève, aime et est aimé de Madeleine. Mais Marais, ambitieux et frivole, quitte son maître pour les fastes de Versailles. Il y devient, en 1679, auprès de Lully, un des plus prestigieux représentants de la musique de Cour baroque aux artifices tant détestés par Sainte Colombe. Madeleine, abandonnée par Marais, se suicide. A l'apogée de sa gloire, Marais doute de lui et de son art. Il revient vers son vieux maître et les deux hommes se réconcilient. Sainte Colombe confie à Marais les pièces de musique gardées secrètement au fond de sa retraite, le jugeant enfin digne de recueillir son héritage musical, maintenant qu'il a compris que la musique s'adressait à l'âme et à l'éternité, et non aux vains Grands de ce monde.